Der Münchner Flughafen ist einer von drei Flughäfen in Deutschland, die angeflogen werden, wenn sich an Bord ein Passagier mit dem Verdacht auf Ebola befinden sollte. Das Erdinger Gesundheitsamt ist bislang federführend dafür verantwortlich, dass in einem solchen Fall umgehend medizinische Hilfe unter höchsten Sicherheits- und Schutzmaßnahmen eingeleitet wird. Zur Unterstützung der Gesundheitsbehörde bei dieser überregional wichtigen Aufgabe wird nun eine spezielle "Taskforce Infektiologie" für den Münchner Flughafen, der teilweise auch auf Freisinger Grund liegt, eingerichtet. Die neue Einheit mit insgesamt fünf Ärzten wird dem Landesamt für Gesundheit und Lebensmittelsicherheit unterstellt. Sie soll unter anderem Alarm- und Notfallpläne nicht nur für Ebola, sondern auch für andere gefährliche Infektionskrankheiten ausarbeiten.

Der Ernstfall wurde am Flughafen München zuletzt im November 2013 unter der Leitung des Erdinger Gesundheitsamts in einer groß angelegten Übung geprobt. Die Notfallübung wurde dabei möglichst realistisch gestaltet. Die Lufthansa stellte einen Airbus A 340 zur Verfügung und zwanzig Komparsen übernahmen den Part von Passagieren, die in der Maschine in der Nähe der an einer mutmaßlich lebensgefährlichen Infektion erkrankten Patientin saßen. Insgesamt nahmen 300 Personen aktiv an der Übung teil. Auch der Transport der Erkrankten ins Klinikum München-Schwabing mit einem Konvoi von Einsatzfahrzeugen wurde unter der höchsten Sicherheitsstufe realitätsnah geprobt. Für den Krankentransport setzte die Berufsfeuerwehr München ein Spezialfahrzeug ein. Am Klinikum München-Schwabing befindet sich ein spezialisiertes Behandlungszentrum, in dem Ebola-Erkrankte auf einer Sonderisolierstation intensivmedizinisch behandelt werden können.

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Das Erdinger Gesundheitsamt, das als Abteilung für Gesundheitswesen am Landratsamt angesiedelt ist, war in den vergangenen Jahren schon mehrmals mit akuten oder potenziellen hochgefährlichen Infektionen von Fluggästen beschäftigt. Im März 2010 erkrankten 23 Teilnehmer einer japanischen Reisegruppe unmittelbar vor dem Heimflug nach Tokyo am Münchner Flughafen an durch Noroviren hervorgerufenem Brechdurchfall. Der Start der Maschine wurde abgesagt, als sich ein Passagier an Bord des Flugzeuges heftig übergeben musste. Da schnell immer mehr Passagiere dieselben Symptome zeigten, kam es zu einem Großeinsatz von Rettungskräften. Die Erkrankten wurden in einer speziellen Halle am Flughafen isoliert und dann nach einem Notfallplan in verschiedene Krankenhäuser gebracht. Allein im Klinikum Erding wurden 14 Patienten behandelt, wozu zusätzliche Ärzte und Pfleger sowie Dolmetscher in aller Eile ins Krankenhaus gerufen werden mussten. Das Flugzeug wurde mit hochwirksamen Desinfektionsmitteln innen komplett gereinigt, bevor es mit den 200 anderen, offenbar nicht erkrankten Passagieren Richtung Japan abheben durfte.

In den Jahren 2009 und 2010 waren vom Erdinger Gesundheitsamt bereits wegen der damals in Mexiko grassierenden Schweinegrippe Notfallpläne für den Flughafen München ausgearbeitet und intensive Vorsichtsmaßnahmen angeordnet worden. Passagiere, die aus Mexiko kamen, wurden deshalb genau beobachtet, um sie gegebenenfalls in eine Isolierstation eines Krankenhauses zu bringen.